Отходы рыбоводства не исчезают даже при выращивании рыбы в УЗВ с постоянным повторным использованием воды для ее очистки. Загрязнения и экскременты рыб должны попасть куда-либо даже в этом случае. Биологические процессы в системе в некоторой мере уменьшают количество органических соединений благодаря простому биологическому разложению или минерализации внутри системы. Тем не менее, значительное количество органического осадка по-прежнему требует обработки.
Отходы, покидающие процесс рециркуляции, обычно происходят из механического фильтра, где экскременты и другие органические вещества отделяются и поступают в выпускной патрубок фильтра. Очистка и промывка биофильтров также увеличивают общий объем воды, покидающей рециркуляционный цикл.
Стоки их канализации УЗВ, могут очищаться различными способами. Довольно часто устанавливается вторичная механическая очистка воды, предназначенная для концентрации шлама-осадка, находящегося в сбросной воде. Отсюда осадок попадает в накопитель для седиментации или дальнейшего механического обезвоживания, после чего она сбрасывается на рельеф, обычно как удобрение для фермеров. Механическое обезвоживание также облегчает обращение с рыбоводным осадком и уменьшает его объем, благодаря чему стоимость удаления или возможные сборы уменьшаются.
Недостатками механического обезвоживания являются более высокие инвестиционные и эксплуатационные расходы. Очистка воды в УЗВ, проходящая вторичную очистку, как правило, имеет высокие концентрации азота и фосфора. Этот так называемый «осветленный сток» может быть выпущен в окружающую среду, в реку и т.д., либо возвращен в УЗВ. Питательные вещества, содержащиеся в осветленном стоке, могут быть удалены, если направить воду в водоочистные пруды с растениями, корневую зону или земляной фильтр, где соединения фосфора и азота удаляются. Азот, содержащийся в осветленном стоке, также может быть удален способом денитрификации.
Важно отметить, что рыбы выделяют отходы не так, как другие животные, например, свиньи или коровы. Азот, главным образом, выделяется в форме мочи через жабры, только небольшая его часть выделяется в форме экскрементов через анальное отверстие. Фосфор выделяется только с экскрементами. Таким образом, основная часть азота полностью растворена в воде и не может быть удалена механическим фильтром. Удаление экскрементов механическим фильтром задержит меньшую часть азота, находящуюся в стоках вод УЗВ, а также большее количество фосфора. Остающийся в воде растворенный азот преобразовывается в биофильтре, главным образом, в нитрат. В этой форме азот легко усваивается растениями и может использоваться в качестве удобрения в сельском хозяйстве либо может быть удален в очистительных прудах с растениями. Важно, чтобы стоки УЗВ из рыбоводных бассейнов сразу подавались на механический фильтр и не разбивались преждевременно. Чем более целыми и твердыми являются экскременты, тем больше процент удаления твердых частиц и других соединений.
Чем выше степень рециркуляции, тем меньше подпиточной воды используется и тем меньше сбросной воды надо очищать. После очистки воды для рыб, как первого этапа, оставшееся небольшое количество воды может просто быть выпущено на рельеф недалеко от хозяйства для фильтрации. В любом случае, общий объем сбросной воды значительно ниже, чем на традиционных рыбных хозяйствах. Рециркуляция является эффективным способом для снижения воздействия рыбоводства на окружающую среду, но очистка сточных вод требует жесткого ежедневного управления для обеспечения эффективной работы системы очистки.
Комбинация интенсивного рыбоводства, в УЗВ или традиционного, с экстенсивными рыбоводными системами, такими как, например, традиционным разведением карпа, может стать простым способом переработки стоков УЗВ. Питательные вещества из интенсивной системы используются в качестве удобрений в экстенсивных прудах, когда излишек воды с интенсивного хозяйства поступает в карповые пруды. Вода из экстенсивных прудов повторно использоваться в качестве производственной воды в интенсивном хозяйстве. Водоросли и водная растительность, растущие в экстенсивных прудах, поедаются растительноядными рыбами, которые в итоге облавливаются и используются для потребления. В интенсивной системе достигаются эффективные условия выращивания, а экологические воздействия устраняются благодаря комбинации с экстенсивными прудами.